所謂脫水就是利用脫水劑將組織內的水分置換出來，以利于有機溶劑的滲入。在脫水前，固定后的組織應該水洗（10～20分鐘），否則易造成脫片和染色不鮮艷，也不利于蠟塊內抗原的長期保存。脫水是否徹底，直接關系到組織是否能充分透明。過去習慣認為脫水主要跟高濃度乙醇有關，而忽視了與低濃度乙醇的關系，其實75-80%濃度的乙醇具有極強穿透力，在短時間內可以置換出大量的水份，而高濃度乙醇容易使蛋白質凝固，在組織表面形成一層硬殼，乙醇難以滲透到組織塊中間去，導致組織脫水不佳；高濃度乙醇的作用是脫去從低濃度到高濃度之間的水份。如果脫水時加溫過高（36-50℃）、使用丙酮等，都易導致組織收縮過度、發(fā)硬和發(fā)脆。

組織脫水引起的組織發(fā)脆有三種原因：一是初始脫水液濃度過高引起組織質地發(fā)生改變、硬化；二是組織質地過于細膩，如小動物肝臟；第三種是假脆（也是組織發(fā)脆的最主要原因），由于脫水不足，組織在浸蠟時蠟無法滲透到組織中去，在高溫下“干烤”導致發(fā)硬、發(fā)脆，切片會出現(xiàn)粉粉的或一絲絲的現(xiàn)象，子宮肌瘤等較硬的組織還會出現(xiàn)一棱棱的現(xiàn)象，甚至會整塊整塊往外崩；嚴重脫水不足的組織中間發(fā)軟、凹陷，甚至還會有水。

脫水的關鍵是調整低濃度和高濃度乙醇脫水時間的正確搭配，低濃度乙醇可以使組織收縮減少，利于切片，高濃度乙醇使組織脫水更徹底。一般情況下，標本脫水時間（35℃）為75％乙醇1.5h、85％乙醇2h、95％乙醇（2道大）各1.5h至2h、無水乙醇（2道）各1.5h至2h。小標本脫水時間與大標本差異不大，一般沒必要分開，小標本發(fā)脆，往往是因為紙包太厚或相互粘在一起，導致組織脫水不徹底引起。固定好的淋巴組織，應從低濃度乙醇開始脫水，在95%乙醇中的時間延長至4h左右，以便徹底脫水。

脫水時間長短，與室溫密切相關,同時也與組織的厚薄、組織類型、組織固定程度等條件相關。一般而言，12～15℃的室溫，可作為一個臨界溫度值。當室溫高于此溫度時，組織容易脫水，可適當縮短脫水時間；室溫低于該溫度時，應適當延長脫水時間。從規(guī)范化角度出發(fā)，應該盡可能地保持溫度、濃度和作用時間的恒定。使用全封閉自動脫水機更易標準化。更換脫水液，應以量為基礎，定量更換。根據(jù)我科經(jīng)驗，如試劑用量為500ml，每500個蠟塊更換一次為宜。在更換脫水液時，為保證準確的低濃度乙醇的濃度，不提倡全部試劑向前退的方法。85%乙醇退到75%乙醇，95%乙醇退到85%乙醇，無水乙醇退到95%乙醇，是不正確的。第二道的95%乙醇可以退到第一道95%乙醇，第二道無水乙醇也可以退到第一道無水乙醇。由于脫過水的乙醇含有大量的脂肪和蛋白質，因此，最好全部更換，保證各梯度乙醇的真正濃度。

常規(guī)切片脫水的原則是在最短的時間內，使組織脫水徹底，收縮度、硬度適中，切片舒展、保證質量。在固定充分的情況下，組織在乙醇甚至無水乙醇內長時間乃至幾天停留，均不會導致組織發(fā)脆。